E' autore, o viene citato come autore, delle opere seguenti:
- Parere del sig. Giovanni Becattelli sopra il moderno uso di praticar nella musica questo segno [...] bequadro (trattato)
- Risposta del sig. Giovanni Becattelli al parere scritto dal sig. N.N. sopra la sua lettera critico-musicale (trattato)
- Lettera critico-musicale del sig. Giovan Francesco Beccatelli fiorentino... sopra le difficultà nella facoltà musica da un moderno autore… (trattato)
- Sposizione di Giovan Francesco Becattelli fiorentino, delle musiche dottrine degli antichi musici greci e latini (trattato)
- Ristretto delle vere regole e necessarie cognizioni di tutto quello che appartiene al canto ecclesiastico spiegata da Giovan Francesco… (trattato)
- Annotazioni sull'opera del p. Gio. d'Avella, intitolata Regole di musica, Roma, 1657 (trattato)
- Appendice o sia confutazione di due principali parti dell'antica musica (trattato)
- Della cognitione della commune tastatura de' cimbali (trattato)
- Divisione del monocordo antico secondo Pitagora e Tolomeo (trattato)
- Documenti e regole per imparare a suonare il basso continuo, estratti dalle speculative musiche osservazioni di Giovan Francesco Becattelli… (trattato)
- Instruzione dell'organo (trattato)
- Spiegazione sopra alcune cose che si trovano nella lettera critico musica del medesimo autore, stampata nel 3° tomo de supplementi al… (trattato)